In sehr seltenen Fällen sollte Vitamin D nicht oder nur unter ärztlicher Beobachtung eingenommen werden. Das betrifft unter Umständen die Stoffwechselerkrankungen Hyperkalzämie oder Hyperparathyreoidismus und jene Krankheitsbilder, die damit in Verbindung stehen (Liste unvollständig):
Hyperkalzämie: eine Erhöhung des Kalziumspiegels im Blut. Somit sind auch alle Krankheiten betroffen, die sich auf eine Hyperkalzämie zurückführen lassen.
Williams-Beuren-Syndrom oder Williams-Syndrom: ist eine genetisch bedingte Form der Hyperkalzämie.
Nephrokalzinose: dabei handelt es sich um Ablagerungen von Kalziumsalzen in der Niere.
Sarkoidose: hierbei kann eine erhöhte Ausscheidung von Kalzium über die Niere stattfinden.
Hyperparathyreoidismus: eine Regulationsstörung der Nebenschilddrüse, die zu erhöhten Ausschüttungen des Parathormons (PTH) führt.